ซีเอเอฟเลือกแอฟริกาใต้เป็นเจ้าภาพแอฟริกัน เนชั่นคัพ 2013 แทนลิเบีย
ที่ประชุมของสหพันธ์ฟุตบอลแอฟริกา หรือ ซีเอเอฟ ที่กรุงไคโร ประเทศอียิปต์ หารือกรณีที่ลิเบียไม่สามารถรับหน้าที่จัดการแข่งขันฟุตบอลแอฟริกัน เนชั่นคัพ 2013 ได้ทันเนื่องจากมีปัญหาสงครามในประเทศ ซึ่งคณะกรรมการบริหารซีเอเอฟได้ตัดสินใจแลกสิทธิ์การเป็นเจ้าภาพโดยให้ แอฟริกาใต้ ที่เป็นเจ้าภาพจัดการแข่งขันในปี 2017 ได้รับสิทธิ์ให้จัดการแข่งขันแทนเนื่องจากมีความพร้อมจากการจัดศึกฟุตบอลโลกรอบสุดท้าย 2010 ที่ผ่านมา และให้ลิเบียรับสิทธิ์ในการเป็นเจ้าภาพในปี 2017 แทน
สำหรับแอฟริกาใต้มีเวลาเตรียมความพร้อมสำหรับการแข่งขันอีก 15 เดือน ส่วนการแข่งขันแอฟริกัน เนชั่นคัพ 2012 กินีและกาบองจะเป็นเจ้าภาพร่วมกันซึ่งจะแข่งขันระหว่างเดือนมกราคมและกุมภาพันธ์ปีหน้า ก่อนที่แอฟริกัน เนชั่น คัพ จะเปลี่ยนมาแข่งขันในทุกปีที่เป็นเลขคี่แทน