ก่อนหน้านี้การแต่งตั้งสมเด็จพระสังฆราชพระองค์ใหม่ ยังค้างคาอยู่ที่รัฐ บาล เมื่อ สนช. เคลื่อนไหวเรื่องนี้ พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรี และหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ หรือคสช. จึงถูกตั้งคำถามทันทีว่ามีส่วนหรือสั่งการ สนช.หรือไม่
แต่พล.อ.ประยุทธ์ ก็ปฏิเสธการขอให้ สนช. เสนอแก้กฎหมาย หรือ สั่งการให้แก้กฎหมายฉบับใด พร้อมย้ำเป็นสิทธิโดยชอบตามหน้าที่ของ สนช. ซึ่ีงมีขั้นตอนในการดำเนินการอยู่แล้ว
นพ.เจตน์ ศิรธรานนท์ โฆษกที่ประชุมคณะกรรมาธิการวิสามัญกิจการสภานิติบัญญัติแห่งชาติ หรือ วิป สนช. กล่าวว่า คณะกรรมาธิการการศาสนา ศิลปะวัฒนธรรมและการท่องเที่ยว ที่มี พลตำรวจเอก พิชิต ควรเดชะคุปต์ เป็นประธาน พร้อมด้วยสมาชิกสนช. ร่วมกันเข้าชื่อรวม 84 คน เสนอร่างแก้ไขเพิ่มเติม พ.ร.บ.คณะสงฆ์ ปี 2535 โดยสาระสำคัญมีการแก้ไขเพียงมาตราเดียว
ซึ่งหลังวิปสนช. รับทราบเรื่องเสนอร่างแก้ไขเพิ่มเติม พ.ร.บ.คณะสงฆ์นี้แล้ว ภายใน 30 วัน จะต้องส่งต่อคณะกรรมการกลั่นกรองกฎหมาย เพื่อตรวจสอบว่าการแก้ร่างกฎหมายอยู่ในประเภทการเงินหรือไม่ เพราะหากเกี่ยว ต้องส่งให้นายกรัฐมนตรี ลงนามรับรอง
แต่หากไม่เกี่ยว ครม. ก็รับทราบและพิจารณาว่าจำเป็นต้องส่งร่างกฎหมายมาพิจารณาคู่ขนานไปด้วยหรือไม่ หลังจากนั้น วิป สนช. จะพิจารณาบรรจุเป็นเข้าสู่วาระการประชุมของ สนช. โดยมีรายงานว่า ร่างแก้ไขเพิ่มเติม พ.ร.บ.คณะสงฆ์ ปี 2535 สนช.วางแนวทางการพิจารณาให้แล้วเสร็จใน 3 วาระรวด
ซึ่งนอกจากเหตุผลว่าร่างกฎหมายมีการขอแก้ไขเพียงมาตราเดียวแล้ว ยังมีเจตนาที่จะลดแรงกดดันไปด้วย เนื่องจากยังมีความเห็นต่างเกิดขึ้น และอาจมีความเชื่อมโยงเกี่ยวข้องกับประเด็นปัญหาของวัดพระธรรมกายและประเด็นการแต่งตั้งสมเด็จพระสังฆราช องค์ใหม่ที่ค้างอยู่ด้วย
ทั้งนี้พระธรรมกิตติเมธี เจ้าคณะภาค 16, 17,18 ในฐานะประธานศูนย์พิทักษ์พระพุทธศาสนาแห่งประเทศไทย ให้สัมภาษณ์ระบุว่าไม่เห็นด้วยกับการเสนอแก้ในครั้งนี้ เพราะการให้เป็นพระราชอำนาจ เป็นการมิบังควร แต่เสนอให้เพิ่มองค์คณะสงฆ์ฝ่ายบริหาร หรือปรับบทบาทมหาเถรสมาคม หรือมส.แทน