ตำแหน่ง 
การแต่งตั้งโยกย้ายนายทหารประจำปีในตำแหน่งปลัดกระทรวง ที่เกิดกรณีปัญหาจนต้องทำหนังสือชี้แจงข้อเท็จจริงต่อ น.ส.ยิ่งลักษณ์ ชินวัตร นายกรัฐมนตรี ในฐานะผู้พิจารณาลำดับสุดท้าย ก่อนนำขึ้นทูลเกล้าทูลกระหม่อมแต่งตั้งอย่างเป็นทางการนั้น พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา กล่าวยอมรับว่าอยู่ในขั้นการพิจารณาของกระทรวงกลาโหม พร้อมระบุควรเป็นไปตามระเบียบและขั้นตอนที่ต้องพิจารณาตามความเหมาะสม โดยผู้เหมาะสมที่จะได้รับเลือกเป็นปลัดกระทรวง ต้องเป็นความเห็นร่วมกันของเหล่าทัพ แต่จนถึงขณะนี้ยังไม่มีการพูดคุยกันอย่างเป็นทางการ แต่ก็คาดว่าภายในสัปดาห์นี้ น่าจะสรุปเรียบร้อย
พล.อ.ประยุทธ์กล่าวว่า การพิจารณาแต่งตั้งโยกย้ายนายทหาร ควรใช้ความรู้สึกแบ่งแยก ระหว่างความเหมาะสมและระบบเครือญาติออกจากกัน พร้อมกันนั้นก็ต้องคำนึงถึงปัจจัยต่าง ๆ อาทิ ความเหมาะสม ความรู้ความสามารถ ความอาวุโสหรือแม้แต่รุ่น ซึ่งนายทหารต้องใช้เวลาในการเติบโตตามลำดับชั้น รวมถึงตำแหน่ง ปลัดกระทรวง ที่มีกระแสของการส่งจดหมายโจมตีกัน ก็ไม่เชื่อว่าจะเกิดจากผู้ที่ถูกคาดการณ์ว่าจะได้รับเลือก หรือแคนดิเดต หากแต่น่าจะเกิดจาก ผู้ไม่หวังดี ทำให้เกิดขึ้น
ปัญหาความไม่ลงตัวในการเสนอรายชื่อปลัดกระทรวงกลาโหมคนใหม่ จน พล.อ.เสถียร เพิ่มทองอินทร์ ปลัดกระทรวงกลาโหม ทำหนังสือชี้แจงต่อนายกรัฐมนตรี หลังจาก พล.อ.เสถียร เสนอ พล.อ.ชาตรี ทัตติ รองปลัดกระทรวงกลาโหม เลื่อนขึ้นรับตำแหน่งปลัดกระทรวง แต่อพล.อ.อ.สุกำพล สุวรรณทัต รัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม กลับสนับสนุน พล.อ.ทนงศักดิ์ อภิรักษ์โยธิน ผู้ช่วยผู้บัญชาการทหารบก เข้ามารับตำแหน่งนี้